1、投资主体不同：有限责任公司投资主体可以是自然人，也可以是法人，而个人独资企业的投资主体只有一个人，就是自然人。责任由自己独资承担。
2、法律形式不同：有限责任公司属于法定民事主体，具有法人资格，个人独资企业不具有。
3、税收缴纳规定不同：有限责任公司需要缴纳企业所得税，个人独资企业不需要缴纳，需要缴纳个人所得税。
4、投资者承担责任不同：有限责任公司股东以认缴的出资额为限承担“有限责任”，个人独资企业的投资人以其个人资产对公司承担无限责任。
5、财务核算要求不同：有限公司应当在每年年度终了时编制财务会计报告，并由会计事务所审计。个人独资企业则只需依法设置会计账簿来进行会计核算，无需经会计事务所审计。